Mustafa, vdiq në moshën 47 vjeçare, duke lënë prapa gruan, vajzën, Berianën dhe djalin, Besianin. Vrasja e Mustafës, konsiderohet një nga vrasjet më të rënda me motive politike, në një fushatë sistematike, sulmesh, e vrasjesh të anëtarëve të Lidhjes Demokratike të udhëhequr nga, Ibrahim Rugova.

Hetimet për vrasjen e tij në fillim i kishte udhëhequr Policia e UNMIK-ut dhe KFOR-i.Pamje nga hyrja e banesës së Xhemajl Mustafës.

Bashkëshortja e Mustafës, Bahrije Mustafa, kishte rrëfyer momentin kur kishte dëgjuar krismat.

“Kur dola në terasë, po e shoh se popullata është grumbullu, edhe policia. Ma mori mendja, një parandjenjë e pata, e mbylla derën, kur shkova, po i shoh kojshiket, ishin tmerru, njëra qante. Vrapova shkallëve teposhtë, kur kam dal, disa njolla të gjakut i kam pa nëpër shkallë”, kishte rrëfyer ajo për APN. Shkallët e gjakosura pas vrasjes së Mustafës.

Djali i Mustafës, Besiani, që mbanë pozitën e zëdhënësit në LDK, sot në përkujtim të babait të tij ka thënë se ata që e kanë kryer veprën, e kanë vrarë ardhmërinë e fëmijëve të tyre.